Covid: puis-je encore être infecté par un ancien variant?

Si Omicron représente la quasi-totalité des infections actuelles au coronavirus, il est légitime de se demander si les chances de rencontrer un ancien variant sont nulles. Les probabilités (très faibles) peuvent dépendre de l’ancienneté du mutant et de la situation géographique de l’individu.

Actuellement, le variant Omicron représente 98,5% de toutes les infections au coronavirus en Belgique. Delta, lui, n’est plus qu’à l’origine de 1,5% des contaminations.

Wuhan, Bêta, Gamma : quelles probabilités de les rencontrer?

Dès lors, les chances d’être sur le chemin d’un mutant antérieur sont très faibles. Mais est-il toutefois possible de rencontrer, par « malchance », la souche initiale du coronavirus, celle qui a été détectée en début de pandémie en Chine ? Pour Yves Van Laethem, infectiologue et porte-parole interfédéral pour la crise Covid, la réponse est claire. « Non, la souche de Wuhan ne va pas revenir. Il n’y en a plus du tout, je pense. » Plus virulent qu’Omicron, il n’y a plus de raison de penser que l’on puisse retomber, par hasard, sur la souche initiale du Covid. Le risque semble proche de zéro.

Concernant les autres anciens variants, le moins improbable est de retomber sur Delta, qui concerne encore un petit 1,5% des contaminations en Belgique. Les chances sont donc faibles mais pas nulles. La bonne nouvelle est que, en cas de réinfection à Delta après avoir contracté Omicron, il a été démontré que les anticorps développés avec Omicron protègent également contre Delta. Même si ce cas de figure est rare, il pourrait encore avoir lieu actuellement.

Par ailleurs, la question peut aussi se poser quant aux variants Bêta et Gamma, qui ont éclos l’année dernière, sans pour autant acquérir la même domination que Delta et Omicron. « Dans certaines parties du monde, il reste peut-être encore un peu de Gamma et de Bêta, mais en petite quantité. Ce faisant, la chance de les rencontrer est très peu probable », assure Yves Van Laethem. En Belgique, il est donc très peu probable d’avoir affaire à Bêta ou Gamma.

Hormis Delta, qui circule encore minoritairement, les chances d’être confronté à un variant ancien sont donc très minces ; proches du zéro concernant la souche de Wuhan, très faibles concernant Bêta et Gamma en Belgique.

Vers le BA.2… voire BA.3?

Désormais, les regards sont tournés vers le sous-variant BA.2, qui représente actuellement 5% de toutes les contaminations par le variant Omicron, a rapporté le virologue Marc Van Ranst (KU Leuven).

Le sous-variant BA.2 a été découvert en Belgique à la fin du mois de décembre 2021 et se développe plutôt lentement jusqu’à présent. Fin du mois de janvier, le BA.2 représentait environ 2% de l’ensemble des infections. Au Danemark, en revanche, la moitié des cas sont déjà liés à ce sous-variant. Selon une récente étude danoise, le BA.2 est légèrement plus contagieux que le sous-variant le plus répandu actuellement, appelé BA.1. Une personne infectée par le BA.2 a un risque moyen de 39 % d’infecter un membre du même ménage au cours de la première semaine. Ce pourcentage s’élève à 29% pour le BA.1.

« Le BA.2 deviendra probablement dominant dans notre pays aussi », a expliqué le virologue Van Ranst. « Mais pour le moment, cette plus grande infectiosité n’est pas encore visible dans notre pays. Nous continuerons à la surveiller. »

Un premier cas du sous-variant BA.3 a été détecté le 28 janvier à l’hôpital Jessa de Hasselt. Un seul cluster de BA.3 est actuellement connu, ce qui représente une poignée de cas.

Comment contrer l’émergence rapide de nouveaux variants?

Naturellement, un virus mute : son but est toujours de survivre dans son environnement. Stopper l’émergence de variants semble donc mission impossible. « On aura toujours de nouveaux variants, ce phénomène ne va jamais vraiment se stopper. Mais là où on peut avoir un impact, c’est sur le rythme avec lequel ils arrivent. Si plus de personnes sont vaccinées, il y aura moins d’infections. Et les variants se suivront moins vit », nous précisait récemment Steven Van Gucht. « Avec le coronavirus, tout va encore trop vite. On a encore beaucoup trop d’infections car il n’y a pas encore assez de personnes vaccinées dans le reste du monde, surtout en Afrique et en Asie. Graduellement, cela va se stabiliser. Dans le temps, on aura plus de contrôle et de prévision. »

Le but face au Covid, à moyen terme, est donc de pouvoir davantage contrôler et anticiper ses mutations grâce à l’immunité naturelle et à la vaccination. C’est le cas, d’ailleurs, face à l’influenza: six mois avant son arrivée saisonnière en Europe, les variants de la grippe sont déjà observables dans l’hémisphère sud. Le vaccin est ainsi adapté d’année en année grâce à ce laps de temps qui permet une anticipation. Pour le Covid, tout va encore trop vite pour pouvoir se calquer sur le modèle utilisé pour la grippe. Omicron, par exemple, était déjà dominant à peine un mois et demi après son apparition.

Pour l’immunologiste Michel Goldman (ULB), contrôler l’émergence rapide de variants est un défi qui nécessitera encore « un effort de longue haleine et une collaboration sans précédent à l’échelle du monde. Tant qu’il subsistera des personnes non-protégées sur la planète, elles contribueront à entretenir la circulation du virus et à l’émergence de nouveaux variants. »

Toute circulation intense du virus est donc un facteur clé qui augmente la probabilité de mutation. « Il existe des risques d’apparition de nouveaux variants qui pourraient avoir un échappement immunitaire, comme c’est le cas d’Omicron. Car face à une pression vaccinale et immunitaire tellement forte, les mutants doivent trouver une solution pour survivre. Des mutations qui permettent un échappement à cette barrière », nous rappelait il y a peu l’épidémiologiste Yves Coppieters.

Quel élément va faire qu’un variant va prendre le dessus sur un autre ? Yves Coppieters souligne à ce sujet qu’il apparait des milliers de nouveaux variants par jour. Mais très peu parviennent à surplomber le variant dominant. « Ceux qui émergent doivent prendre le dessus sur Omicron. Pour surclasser Omicron, il faut être plus contagieux. Et ça, cela s’annonce compliqué. »

Pour Yves Van Laethem l’émergence de variants peut arriver « partout dans le monde, mais chez nous aussi. Lorsque le virus circule beaucoup, comme maintenant. Que les gens soient vaccinés ou pas. La chose que nous pouvons faire pour ne pas favoriser cela, c’est diminuer la circulation, comme on le fait avec les masques mais surtout avec la vaccination. Qui malheureusement, n’est que partiellement efficace sur cette transmission. Donc, elle bloque une partie mais n’empêche pas le virus de se multiplier. Un mutant pourrait donc naître aussi dans nos régions vaccinées. Mais il a encore plus de chance de naître à un endroit où il est totalement libre de faire ce qu’il veut. D’où l’importance de vacciner des vastes zones du monde. Mais ça ne sera pas un travail facile. »