La chasse aux super contaminateurs : « Nous avons manqué une occasion en or cet été »

Seulement 20 % des personnes infectées par le coronavirus sont responsables de 80 % de toutes les infections. Néanmoins, la recherche systématique de sources et de clusters ne fait pas partie de la politique belge de test et de traçage. Une chose incompréhensible pour beaucoup de spécialistes.

Neuf mois après le début de la pandémie, nous ne savons toujours pas exactement comment le coronavirus se propage dans la population belge. Quelle est la part de l’horeca ? Quel est le rôle de l’éducation ou des transports publics ? Quel est l’impact des fêtes clandestines ? La plupart des transmissions n’ont-elles pas lieu dans la bulle familiale ? C’est simple, personne ne le sait avec certitude ni s’il existe même une réponse chiffrée à cette question. « Nous naviguons à l’aveuglette », résume le biostatisticien Geert Molenberghs.

La politique belge de dépistage et de traçage est principalement prospective : après un test positif, le patient peut s’attendre à recevoir un appel du contact center lui demandant de dresser une liste de tous ses contacts à partir de deux jours avant l’apparition des symptômes et jusqu’au début de sa quarantaine. Ces contacts sont appelés ou reçoive une visite à domicile avec la demande de s’isoler pendant une semaine et, selon le niveau de risque, de se faire tester. Le système, qui comprend également l’application Coronalert, est conçu pour prévenir les infections ultérieures et ainsi freiner l’épidémie. Personne ne met en doute son utilité, mais les taux d’infection galopants ne laissent que peu de place au doute. La politique actuelle de dépistage et de traçage est tout à fait insuffisante. Parce que les problèmes de capacité entraînent des retards croissants (en particulier à Bruxelles et en Wallonie, mais aussi – à nouveau – dans les maisons de repos), mais aussi parce qu’on oublie un facteur important dans l’approche : le facteur K.

Diffusion par grappe

Bien des hypothèses ont été avancées pour expliquer les disparités entre les pays touchés par la pandémie: l’âge de la population, la vitamine D, l’immunité préalable, l’immunité collective, etc. Mais aucune n’explique vraiment l’ampleur de ces variations. Il existerait pourtant une variable potentiellement négligée qui nous permettrait de mieux comprendre comment se propage le virus, affirme The Atlantic. Beaucoup de gens ont entendu parler du R0 qui mesure le taux de reproduction du virus et qui a été largement présenté comme un facteur clé pour comprendre le fonctionnement de la pandémie.

R0 est une mesure moyenne de la contagiosité d’un agent pathogène, ou le nombre moyen de personnes susceptibles d’être infectées après avoir été exposées à une personne malade. Si une personne malade infecte trois autres personnes en moyenne, le R0 est de trois. Malheureusement, les moyennes ne sont pas toujours utiles pour comprendre la répartition d’un phénomène, surtout si celui-ci a un comportement très variable. Parfois, la moyenne n’est tout simplement pas une information.

Et c’est là qu’entre en piste la variable k qui mesure la dispersion du virus. Il s’agit d’une façon de se demander si un virus se propage de manière régulière et linéaire ou par grandes rafales, une personne en infectant plusieurs en même temps. Après neuf mois de collecte de données épidémiologiques, nous savons que le coronavirus est un agent pathogène surdispersé, c’est-à-dire qu’il a tendance à se propager en grappes. Dans certains clusters observés, une seule personne a probablement infecté 80 % ou plus des personnes présentes dans la pièce en quelques heures seulement. Mais, à d’autres moments, la covid-19 peut être étonnamment beaucoup moins contagieuse. Des cas de superpropagation ont été observés partout dans le monde. Un article récent a révélé qu’à Hong Kong, où les tests et la recherche des contacts sont très poussés, environ 19 % des cas étaient responsables de 80 % de la transmission, tandis que 69 % des cas n’infectaient aucune autre personne.

Cette constatation n’est pas rare: de multiples études menées depuis le début de l’épidémie ont suggéré que seulement 10 à 20 % des personnes infectées pouvaient être responsables de 80 à 90 % de la transmission, et que de nombreuses personnes la transmettaient à peine. Les chercheurs néo-zélandais ont examiné plus de la moitié des cas confirmés dans le pays et ont constaté 277 introductions distinctes du virus au cours des premiers mois dans le pays. Mais seulement 19 % des introductions ont conduit à plus d’un cas supplémentaire. Une étude récente montre que cela peut même être vrai dans des espaces de vie groupés, comme les maisons de retraite, et que des introductions multiples peuvent être nécessaires avant qu’une épidémie ne se déclare. Pendant ce temps, à Daegu, en Corée du Sud, une seule femme, surnommée Patient 31, a généré plus de 5 000 cas connus. En 2003, le SRAS a également été surdispersé de cette manière. La majorité des personnes infectées ne l’ont pas transmis, mais quelques événements de super propagation ont causé la plupart des épidémies. Le MERS, un autre coronavirus cousin du SRAS, semble également surdispersé, mais heureusement, il ne se transmet pas bien chez l’homme. Ce type de comportement, alternant entre super infectieux et peu infectieux, est exactement ce que la variable k mesure. La nature et la société sont pleines de ces phénomènes déséquilibrés, dont certains fonctionneraient selon le principe de Pareto, parfois appelé le principe 80/20 : 80 % des résultats intéressants sont causés par 20 % des intrants. Cela signifie qu’un petit nombre d’événements ou de personnes sont responsables de la majorité des conséquences.

Des situations plus risquées

Étude après étude, les chercheurs constatent que les grappes de covid-19 se répandent presque massivement dans des environnements intérieurs mal ventilés où de nombreuses personnes se rassemblent pour plusieurs heures : mariages, églises, chorales, gymnases, funérailles, restaurants, etc.

Pour que des contaminations de grande ampleur se produisent, il faut que plusieurs choses se produisent en même temps, et le risque n’est pas le même dans tous les milieux et toutes les activités, explique à The Atlantic, Muge Cevik, professeur de clinique en maladies infectieuses et en virologie médicale à l’université de St Andrews et co-auteur d’une récente étude approfondie des conditions de transmission de la covid-19. Cevik identifie « un contact prolongé, une mauvaise ventilation, [une] personne très infectieuse [et] la promiscuité » comme les éléments clés d’un événement de super-diffusion. La super propagation peut également se produire à l’intérieur au-delà de la distance d’un mètre cinquante recommandée, parce que la Covid-19 peut se déplacer dans l’air et s’accumuler, surtout si la ventilation est mauvaise. Étant donné que certaines personnes infectent d’autres personnes avant qu’elles ne présentent de symptômes, ou lorsqu’elles ont des symptômes très légers, voire aucun, il n’est pas toujours possible de savoir si nous sommes nous-mêmes très infectieux. Nous ne savons même pas s’il existe d’autres facteurs à découvrir qui influencent la super-diffusion. Mais nous n’avons pas besoin de connaître tous les facteurs pour éviter ce qui semble être une condition nécessaire la plupart du temps: de nombreuses personnes, surtout dans un environnement intérieur mal ventilé, et surtout ne portant pas de masque.

Comme l’a dit Natalie Dean, biostatisticienne à l’université de Floride, étant donné le nombre énorme de personnes associées à ces grappes, les cibler serait très efficace pour faire baisser le nombre de transmissions.

À l’heure actuelle, de nombreux États s’engagent dans ce que l’on appelle la recherche de contacts avancés ou potentiels. ne fois qu’une personne infectée est identifiée, nous essayons de savoir avec qui elle a interagi afin de pouvoir avertir, tester, isoler et mettre en quarantaine ces expositions potentielles. Mais c’est encore trop peu fait en Belgique.

C’est ce que reproche, notamment, Cathy Berx, gouverneur de la province d’Anvers qui avait à la fin du mois de juillet mis en place un couvre-feu pour contenir une violente éruption de l’épidémie à Anvers. Pour elle, on doit aller beaucoup plus loin dans la lutte contre les super contaminateurs aussi parfois appeler super propagateurs. Elle prône l’approche japonaise, soit la détection rétrospective des contacts. On effectue des recherches approfondies et efficaces des sources pour identifier les éléments super contaminateurs et puis les placer à l’isolement. Mais dans de bonnes conditions. Parce que les super contaminateurs ne sont pas des criminels », explique Berx. Ils ne sont pas à blâmer, mais leur comportement est dans une large mesure déterminant pour la poursuite de la propagation du virus. Qu’ils restent dans la sphère domestique, qu’ils chantent une chanson à un mariage avec 100 invités ou qu’ils encouragent leur équipe sportive préférée dans un café de supporters bondé, cela fait toute la différence ».

La recherche de sources ne tient qu’avec des tests efficaces. Obtenir des résultats positif ou négatif n’est donc pas suffisant, il est très important que la valeur du CT, la charge virale, soit également connue de tous les acteurs médicaux dès que possible. Après tout, il ne sert pas à grand-chose de placer les patients en quarantaine contrôlée si la phase aiguë est déjà terminée depuis quelques jours. La recherche rétrospective de contacts est malheureusement très exigeante en main-d’oeuvre. Les répondants, déjà réticents à divulguer leurs contacts à un centre d’appel, doivent être prêts à partager les informations pertinentes. Une enquête téléphonique ordinaire prend 10 à 15 minutes », explique Joris Moonens, porte-parole de l’Agence pour les soins et la santé, qui gère les centres d’appel flamands. La recherche de sources prend rapidement entre une heure et une heure et demie, par téléphone ou à domicile et surtout encore que trop sporadique en Belgique, alors qu’elle devrait faire partie de la procédure standard. Mais admettons, qu’à l’avenir, les super contaminateurs doivent être placés à l’isolement avec hébergement obligatoire dans des hôtels vides comme dans certains pays asiatiques est-ce bien légal ? La législation belge autorise-t-elle une telle mesure coercitive ? « Il y a une base juridique », convient Berx. L’article 47 du décret sur la politique de santé préventive permet au médecin fonctionnaire de placer les personnes atteintes d’une infection qui présente un risque particulier d’infecter d’autres personnes en isolement temporaire, dans un hôpital ou dans un autre lieu. Cela peut même être fait de manière proactive, car l’article 47 couvre également les personnes qui ont un risque accru de porter une infection dangereuse. Le non-respect de cette mesure est passible de lourdes peines allant jusqu’à six mois ou d’une amende de 4 000 euros. Un tel levier coercitif est nécessaire, mais je préfère un système qui incite les gens à s’isoler ».

Mais isoler les super-contaminateur par une recherche systématique des sources n’est pas non plus une panacée. Avant que cette approche puisse être mise en oeuvre, la courbe doit être radicalement aplatie. Mardi dernier, le nombre d’infections a atteint un pic de plus de 12 000 en 24 heures. Des travaux inexplorés pour les soumettre tous à une recherche rétrospective des contacts. Le microbiologiste Herman Goossens, chef de la nouvelle Task Force Testing, qui a été chargé par le ministre de la santé Frank Vandenbroucke (SP.A) de développer une nouvelle stratégie de test, en est également conscient. Sur la table figurent, entre autres, des tests rapides et des tests de salive, mais pas de généralisation de la détection des sources et des grappes. La vague actuelle d’infections et les recherches prospectives qui y sont associées ne le permettent pas », nous apprend le Comité interfédéral « Testing & Tracing ».

La KU Leuven lance sa stratégie de test et de traçage

À la KU Leuven, ils ne veulent pas attendre plus longtemps. Au début de cette semaine, l’université a lancé sa propre stratégie de test et de traçage. Le responsable du programme est le professeur de bactériologie clinique et de mycologie Emmanuel André, qui a réuni une équipe comprenant l’infectiologue interne Joren Raymenants et l’analyste de données Klaas Nelissen. Le rôle des super-dispersants est connu depuis le début de l’épidémie de Corona », dit-il. Mais dans cette phase, les chances qu’une réunion se transforme en un événement de grande envergure sont beaucoup plus grandes. De nombreuses personnes infectées se trouvent dans la phase aiguë, malheureusement souvent sans s’en rendre compte elles-mêmes. C’est surtout le cas des jeunes. ».

La réactivité devient un concept clé dans l’approche de Louvain. Le délai entre le test et le résultat doit être aussi court que possible. Dès que le résultat est connu, on procède à une recherche rétrospective des contacts. Jusqu’à présent, cela a été fait beaucoup trop peu », dit Klaas Nelissen. De plus, c’est fait en ordre dispersé, ce n’est pas une personne qui suit un dossier et c’est un point faible des centres d’appel en tout cas. En changeant constamment de personne de contact, il est impossible d’acquérir des connaissances sur les personnes ou les groupes infectés ». Pour la cellule de recherche de Louvain, acquérir cette connaissance est presque aussi important que l’endiguement des épidémies dans la vie des étudiants. « Nous voulons avoir un aperçu de l’émergence et de la dynamique des clusters », déclare André. On peut en tirer des conseils pour le gouvernement. Mieux que la lutte contre les conséquences de la superpropagation des événements, il s’agit de les empêcher de se produire ».

Nos propres tests et recherches sont destinés aux étudiants de Louvain, mais ils se répandront beaucoup plus largement grâce à la recherche des contacts. L’équipe d’André est prête à partager ses connaissances avec d’autres universités ou parties prenantes. André tient néanmoins à mettre en garde contre des attentes exagérées. « Avant de pouvoir procéder à l’élimination des grappes à grande échelle, les chiffres du coronavirus doivent être réduits de façon drastique.

Joren Raymenants précise aussi que, « tout ne peut pas être attribué aux super diffuseurs. Le virus est également transmis individuellement, à une ou deux personnes. Nous devons continuer à prêter attention à cela aussi ».

Apprendre de nos erreurs

Bien que la surdispersion rende plus difficile l’étude du coronavirus, il est utile d’étudier les échecs pour comprendre quelles conditions transforment la malchance en catastrophes. Il est également important d’étudier les succès durables, car la malchance finit par frapper tout le monde, et la réponse peut être déterminante. Les études de cas les plus instructives pourraient bien être celles qui ont joué de malchance au départ, comme la Corée du Sud, et qui ont pourtant réussi à arrêter la vague. En revanche, l’Europe a été largement félicitée pour sa réouverture précoce, mais c’était sans doute prématuré puisque de nombreux pays connaissent aujourd’hui une augmentation généralisée des cas. Lorsqu’un pays a trop de foyers, c’est presque comme si la pandémie passait en « mode grippe », comme l’a dit Scarpino, ce qui signifie des niveaux élevés et soutenus de propagation, même si la majorité des personnes infectées ne transmettent pas la maladie. Scarpino a expliqué qu’à moins de mesures vraiment drastiques, une fois en mode généralisé et élevé, la covid-19 peut continuer à se propager en raison du simple nombre de chaînes déjà présentes. De plus, le nombre écrasant de personnes infectées peut éventuellement déclencher d’autres grappes, ce qui aggraverait encore la situation.

« Contrairement aux états insulaires et semi-insulaires ou totalitaires comme la République populaire de Chine, il est impossible d’isoler la Belgique, la Flandre ou même une province », déclare le gouverneur provincial d’Anvers, M. Berx. Mais nous devons amener les gens à raisonner : il n’est pas question de se rendre dans les stations de ski, par exemple. En fait, il est préférable de ne voyager que lorsque c’est vraiment nécessaire. Une uniformisation au niveau européen, qui est court, pourrait être utile, tout comme une stratégie de test dans le cadre de laquelle les voyageurs entrants et sortants sont tenus de se soumettre à un test instantané. Même s’il y a un hic : si vous êtes négatif aujourd’hui, vous pourriez encore être positif demain. C’est encore un combat difficile. »