Philippe Lemey: « le coronavirus deviendra peut-être une maladie infantile comme la rougeole »

Un rapport international anéantit l’approche belge du coronavirus. Le virologue Philippe Lemey, qui tente de comprendre l’évolution de la pandémie, estime que  » suite à la progression du variant britannique dans notre pays, la situation demeure explosive ».

Fin de l’année, une série d’études scientifiques ont conclu que le coronavirus n’avait pas conquis le monde depuis la Chine, mais depuis l’Europe. C’est en Chine que le SARS-CoV-2 est passé des chauves-souris à l’homme – avec une étape intermédiaire par d’autres animaux ou non – mais il aurait surtout émigré depuis l’Europe vers l’Amérique et l’Afrique.

Philippe Lemey, virologue à l’Institut Rega à la KuLeuven étudie la propagation du coronavirus à l’aide d’analyses génétiques de nombres élevés d’échantillons. Lui aussi constate que l’Europe a été une station intermédiaire importante pour le virus dans sa conquête mondiale. « Il y a eu une propagation directe depuis la Chine », déclare Lemey, « mais le variant du virus apparu en Italie du Nord était beaucoup plus contagieux que le variant initial de Chine. Il a vaincu d’autres variants en Europe et en Amérique. »

Il en va de même aujourd’hui avec le variant britannique très contagieux du virus ?

Philippe Lemey: Effectivement. Si le variant britannique se propage largement en Europe, il prendra probablement le place de variants qui circulent aussi aujourd’hui. On a vu une situation comparable au variant italien en Amérique du Nord. Il est entré via la ville de New York sur la côte est, mais a rapidement atteint la côte ouest, où il l’a emporté sur le variant de Washington qui dominait alors.

Vous démontrez dans un article de Science que dans l’état de Washington le virus a eu besoin de deux introductions pour s’installer.

Il y a eu probablement plusieurs introductions, mais le premier patient connu était un homme arrivé de Chine le 15 janvier. Il était conscient du risque et quand il a développé des symptômes d’infection, il a cherché de l’aide. C’était le premier cas documenté, mais ce n’était probablement pas la première introduction, et certainement pas la dernière. Plus tard, il y a eu un deuxième variant du virus qui l’a emporté sur le premier.

Une étude britannique affirme qu’au Royaume-Uni il y a eu plus de mille introductions avant que le virus puisse y circuler.

Lemey: Même ça c’est probablement une sous-estimation. Durant cette période, le pays a dû accueillir 30 000 voyageurs de France et d’Espagne. Il y aura eu beaucoup de personnes infectées parmi eux.

L’Angleterre a donc été contaminée depuis le continent européen ?

Effectivement. Il faut probablement une multitude d’introductions, parce que beaucoup de personnes contaminées ne transmettent le virus que de manière limitée. Le virus doit avoir la chance de se retrouver auprès de quelqu’un qui a beaucoup de contacts, qui fait office de superpropagateur. Généralement, c’est le début d’une propagation importante.

Avez-vous une idée de la manière dont le virus s’est installé chez nous ? Les vacances de carnaval ont-elles été le catalyseur ?

Malheureusement, nous n’avons pas vraiment de données fortes sur les premières introductions dans notre pays, mais on dirait que le virus était déjà présent avant les vacances de carnaval. Cependant, nous ne savons pas si cette propagation a vraiment pris. Ensuite, il y a eu un nombre massif d’introductions, y compris après les vacances de carnaval. Mes confrères Simon Dellicour et Piet Maes ont étudié le génome de 740 échantillons de coronavirus et en ont conclu qu’il y avait parmi eux 331 introductions indépendantes.

L’un de ces 331 est-il devenu la base de notre épidémie ?

Un certain nombre de ces variants ont continué à circuler ensemble. C’est l’image de toute l’Europe : l’épidémie s’appuie sur un mélange de variants. On trouve la plupart des variants d’Europe occidentale dans tous les pays, la Belgique comprise.

La fermeture des frontières n’est-elle pas la meilleure solution pour contrecarrer le virus?

(hésitant) Il semble difficile de fermer les frontières en Europe. C’est pourquoi il est si important de screener les voyageurs et de les placer en quarantaine. Idéalement, vous screenez tout le monde, vous placez tout le monde en quarantaine, et vous screenez une nouvelle fois après quelques jours. À présent que le variant britannique est là, il faudrait encore un screening après dix jours, vu qu’il est peut-être contagieux plus longtemps. Si la logistique de screening n’est pas au point, la quarantaine reste une bonne base.

À quel point la situation autour du nouveau variant britannique est-elle grave ?

Fin novembre, Piet Maes a détecté les premiers variants britanniques. Depuis, ils n’ont fait que se multiplier, surtout via les voyageurs durant et après les vacances de Noël. La progression ne semble plus pouvoir s’endiguer. Nous ne voyons pas encore d’impact sur les courbes de contaminations, mais elles cachent une dynamique invisible, qui fait que la pression sur les soins de santé peut rapidement augmenter. On ne peut qu’espérer qu’on réussisse à l’endiguer. Mais si ce variant prend les allures d’un superpropagateur, on risque une nouvelle situation explosive.

Est-ce possible de l’endiguer?

La surveillance génomique, où l’on se focalise sur différents variants du virus, est renforcée et on l’associe au tracing de contacts. Les réactions rapides aux foyers du variant britannique montrent que c’est le cas.

Une troisième vague au printemps est un point de départ réaliste ?

(soupir) J’ai dû mal à l’affirmer de manière explicite. Non seulement à cause de l’incertitude scientifique, mais aussi parce que j’essaie d’éviter de voir les choses trop en noir. Si le taux de contamination augmente, il faut peut-être des mesures plus strictes pour éviter une troisième vague, car celle-ci risque de se heurter à nos efforts de vacciner un maximum de gens le plus rapidement possible. Un confinement ou le manque de personnel médical pourrait compliquer la logistique de vaccination.

Est-il possible qu’apparaisse un variant vraiment dangereux du virus ?

Oui, bien que d’un point de vue évolutionnaire, un virus n’a pas d’avantage à être très agressif et pathogène, car c’est moins favorable pour la propagation. Un caractère plus pathogène pourrait être un effet secondaire d’une mutation à la base d’une contagion qui provoque un taux de contagion plus élevé. Le virus se reproduit alors plus facilement, ce qui fait que quelqu’un peut tomber plus malade. Mais c’est quelque chose que nous n’avons pas encore vu avec ce virus.

Un variant extrêmement mortel du coronavirus est exclu ?

Nous avons déjà vu des milliers de mutations de ce virus, mais rien qui ne va dans ce sens. Mais il ne faut jamais dire jamais.

Les campagnes de vaccination sont lancées. Devons-nous vacciner le monde entier pour éradiquer le virus ?

Ce sera primordial de vacciner un maximum de gens. On le voit dans la lutte contre la rougeole. Il y a un très bon vaccin contre la rougeole, mais comme la vaccination ne couvre jamais 100% d’une population, le virus trouve toujours des corps non protégés. Il en ira de même pour le coronavirus. Nous voyons que quatre coronavirus qui circulent déjà couramment dans l’humanité infectent surtout de jeunes enfants. Il n’est pas exclu que le coronavirus continue à se propager comme une infection infantile. Ce qui ne semble pas si grave, étant donné que la plupart des enfants n’en tombent pas malades.

Les virologues prédisent de mieux en mieux l’évolution du virus. Que se passera-t-il en 2021, selon vous ?

Il est encore toujours difficile d’en dire quelque chose de sensé. Nous avons toujours un degré élevé d’infections, et nous avons la menace du variant britannique. En même temps, nous avons lancé la campagne de vaccination. Il est difficile à estimer comment les trois vont converger. La question est surtout, je pense, ce que nous allons faire une fois la population à risque de personnes âgées et les soignants vaccinés. Allons-nous assouplir les mesures et permettre que le virus se propage dans la partie non vaccinée de la population, avec le risque d’une mortalité légèrement accrue ? Quand tous les patients à risque seront vaccinés, nous pourrons espérer plus de liberté. Cependant, on verra si cela signifie qu’on pourra organiser de grands concerts cet été.

La pression pour le faire augmentera rapidement.

Peut-être à juste titre. Si le virus faut moins de victimes, il y aura peut-être d’autres considérations. C’est à la politique à trancher.

Avez-vous lu les critiques cinglantes à l’égard de la politique belge de votre confrère virologue Emmanuel André parues dans Nature ? Il dénonce notamment le manque de planning à long terme.

J’en ai entendu parler. Fin de l’été dernier, tous les combattants du virus étaient frustrés. C’était la chronique d’une deuxième vague annoncée. La motivation à durcir les mesures avait disparu, à la fois auprès de la population et de la politique. Il y avait des tensions entre les scientifiques et les politiciens, entre les politiciens entre eux et entre les scientifiques entre eux. C’étaient peut-être trop de tensions pour un petit pays pour mener une politique cohérente.

Un rapport de la London School of Economics and Political Science qualifie la Belgique, ainsi que le Royaume-Uni, l’Espagne et l’Italie de pays au gouvernement faible, à cause de leur mauvaise approche de la crise du coronavirus.

Je comprends, mais il ne faut pas sous-estimer l’influence de groupes d’intérêt. C’est à la politique de trouver un bon équilibre. Parfois, ça va bien, parfois pas, et alors les critiques fusent. Nous sommes en train de regarder si les assouplissements autour des voyages ont entraîné la deuxième vague. Nous réalisons des analyses à grande échelle de nombreux variants de virus. Il est trop tôt pour d’affirmations définitives, mais on dirait qu’à la mi-août les voyageurs ont entraîné une propagation supplémentaire du virus dans la plupart des pays européens. Surtout dans les pays où le virus circulait relativement peu, les voyageurs ont fait augmenter le nombre d’infections. De nouveaux variants venus de l’étranger ont rapidement gagné du terrain. Des pays comme l’Allemagne, qui ont fourni beaucoup d’efforts pour garder la propagation du virus à un niveau bas, ont été submergés de nouvelles introductions.

Qu’en est-il de la Chine, où tout a commencé ? Là-bas, la vie semblait mener son cours normal, mais depuis peu on entend qu’il y a de nouvelles contaminations.

En Chine aussi, ils auront besoin de la vaccination pour vaincre la pandémie. Ils ne sont pas exemptés du virus. À en croire leurs chiffres, il y a peu de nouvelles contaminations : ces deux dernières semaines 1500 sur une population de 1,4 milliard de personnes. Mais s’ils ont un seul cas dans une ville d’un million d’habitants, ceux-ci entrent immédiatement en confinement jusqu’à ce qu’ils aient testé tout le monde. C’est ainsi qu’ils réussissent à endiguer la propagation. C’est une bonne stratégie qui illustre qu’il ne faut pas toujours choisir entre économie et santé publique, mais que l’on peut combiner les deux. Cependant, leur gestion de l’épidémie ne serait pas possible dans un état de droit comme le nôtre.

Pourrons-nous éviter de nouvelles pandémies ?

Nous ne pouvons que l’espérer. La pandémie actuelle nous a enseigné beaucoup de choses, ne serait-ce qu’à quel point notre société est fragile en cas d’attaque de virus. Heureusement, nous avons vu aussi que la science est bien armée pour lutter contre une attaque virale, regardez la vitesse à laquelle les vaccins contre le coronavirus ont été développés. Je pense que l’on ne peut prévoir une épidémie, mais nous devons tenter d’être sur le coup le plus rapidement possible pour l’étouffer dans l’oeuf.