L’évolution des coronavirus : une famille de tueurs dynamiques

Il se pourrait bien que les coronavirus circulent dans le monde depuis le treizième siècle. Leur histoire peut donner un aperçu de ce qui nous attend.

À la fin du 19^e siècle, la grippe russe circule dans le monde. Elle débute en 1889 en Asie centrale, fait le tour du monde et tue environ un million de personnes. Elle est enregistrée comme une pandémie de grippe, mais des recherches historiques menées en 2005 par le désormais célèbre virologue Marc Van Ranst (KU Leuven) suggèrent qu’il pourrait s’agir d’un coronavirus. En fait, il aurait été l’un des quatre coronavirus circulant actuellement dans la population humaine et ne provoquant que quelques rhumes. Un quart des rhumes dans le monde sont, en effet, causés par des coronavirus.

Les coronavirus sont connus depuis plus de cent ans, bien qu’au début on ne les appelait pas ainsi. La première description des effets d’un coronavirus sur un animal (dans ce cas un chat fiévreux) remonte à 1912. À cette époque, les vétérinaires découvrent également des virus qui donnaient une pneumonie aux poulets et un trouble intestinal aux porcelets et qui tuait tout animal de moins de deux semaines.

La famille des coronavirus n’est officiellement décrite qu’en 1965. Elle est qualifiée de famille de « tueurs dynamiques ». Les coronavirus des chiens peuvent tuer les chats, et ceux des chats liquider les porcelets. Les humains restent à l’abri jusqu’à la fin de l’année 2002, lorsque l’épidémie de SRAS éclate en Chine. C’est seulement à ce moment qu’il devient évident que les coronavirus peuvent également affecter les humains.

Les conséquences de la pandémie de SRAS sont si limitées que la recherche sur l’impact des coronavirus sur l’homme s’est éteinte. Néanmoins, la pandémie a poussé à Marc Van Ranst à se pencher sur un coronavirus du rhume. Découvert en 1967, celui-ci ne provoque que quelques symptômes bénins chez l’homme. New Scientist publie le compte rendu de sa recherche.

Les analyses génétiques révèlent que le virus est probablement entré dans le monde humain par l’intermédiaire du bétail. La source initiale aurait été, comme pour de nombreux coronavirus, une chauve-souris. Le passage du bétail aux humains a dû se produire vers 1890, coïncidant avec la période où sévissait la grippe russe.

Le cochon comme hôte intermédiaire

Des études néerlandaises menées en 2006 révèlent qu’un deuxième des quatre coronavirus présents dans notre corps a dû faire le saut vers l’homme entre le 13^e et le 15^e siècle. La source primaire était probablement une chauve-souris, l’hôte intermédiaire un cochon. Il n’existe aucune donnée historique connue sur une « épidémie de grippe » à cette époque : tant de maladies circulaient dans l’humanité qu’une ou moins n’était pas nécessairement perceptible. Pourtant, les scientifiques supposent qu’il y a dû y avoir de nombreuses victimes, car les gens n’avaient aucune résistance au virus, comme c’est le cas maintenant avec le nouveau coronavirus. Le virus « médiéval » a probablement utilisé le même mécanisme pour envahir les cellules que le coronavirus actuel.

Un troisième coronavirus circulant parmi les humains a été décrit en 2007 et on a découvert qu’il provenait de chauves-souris au Ghana, en Afrique. On pense qu’il a infecté des camélidés et qu’il a sauté sur des humains au 18^e siècle. Ce coronavirus ressemble à la stratégie suivie en 2012 par le virus MERS au Moyen-Orient : il est entré dans le monde humain par le biais de dromadaires, mais n’a jamais causé beaucoup d’agitation, car il s’est avéré peu contagieux. Il circule encore modestement, mais personne ne s’en soucie vraiment.

Les études historiques ne sont pas sans importance, car elles peuvent nous renseigner sur l’évolution possible du nouveau coronavirus. Si le coronavirus du rhume, que Marc Van Ranst a étudié, était bien responsable de la grippe russe, il a depuis perdu son caractère mortel. Sinon, il causerait plus que quelques symptômes bénins. Mais certains scientifiques avertissent que ce scénario est peut-être trop optimiste. Les chats, les chiens, les vaches et les poulets peuvent parfois avoir du mal à développer une résistance aux coronavirus dont ils sont victimes. En tout état de cause, nous n’avons aucune garantie de cultiver une « immunité de groupe » à l’échelle mondiale contre ce coronavirus. Il y a encore trop d’inconnues pour cela.

Entre-temps, la peur est bien présente. Le magazine Nature a calculé qu’entre 2000 et 2020, on n’a dépensé qu’un demi-milliard d’euros pour la recherche sur les coronavirus dans le monde, alors qu’en quelques mois seulement, un montant presque identique a été débloqué pour la nouvelle pandémie. Les études consacrées aux nouveaux coronavirus s’intensifient également. L’humanité interfère si profondément avec le monde des autres animaux que les risques de faire de nouveaux bonds de l’animal à l’homme sont réelles. À l’origine, quatre virus en cinq cents ans, aujourd’hui trois en moins de vingt ans – bien que l’on ne puisse évidemment pas exclure que d’autres transitions aient eu lieu dans le passé.

Compétition mutuelle

Il n’y a aucune chance que nous n’ayons plus jamais à faire face à un autre saut de coronavirus. Selon Nature, le coronavirus actuel a passé quarante à soixante-dix ans « dans une espèce » avant d’avoir la chance de faire le saut vers l’homme. Que l’hôte intermédiaire soit un pangolin, comme on l’a longtemps pensé, semble de plus en plus improbable. Une analyse récente des chauves-souris au Gabon, publiée dans Scientific Reports, a donné sept nouveaux coronavirus. Cinq d’entre eux semblent être étroitement liés au virus du Ghana, qui est maintenant l’un des quatre coronavirus circulant dans notre monde. Une étude de la PLoS ONE a décrit six nouveaux coronavirus de chauves-souris de Thaïlande. Cette étude a également souligné que le défrichage de la forêt tropicale – l’habitat des chauves-souris – pour la transformer en terres agricoles augmente le risque de transmission du virus aux humains.

Les virus sont également si flexibles qu’ils peuvent facilement créer de nouveaux cocktails génétiques. Les chauves-souris peuvent être porteuses de plusieurs types de virus en même temps, qui ne les rendent que rarement malades. Une étude publiée en 2013 dans les Proceedings of the Royal Society B montre que certaines espèces de chauves-souris portent jusqu’à 12 virus. Ceux-ci peuvent échanger des gènes entre eux dans les cellules de chauve-souris, ce qui leur donne de nouvelles combinaisons et d’autres propriétés.

Il est possible que les coronavirus déjà présents dans notre corps nous aident maintenant. Le New Scientist a présenté des preuves que les quatre coronavirus du rhume sont en quelque sorte en compétition les uns avec les autres : ils vont et viennent, et les pics de l’un correspondent rarement à ceux de l’autre. Peut-être qu’ils s’entravent mutuellement. Bien que Marc Van Ranst mette cela en perspective : « Quand on vieillit, on peut déjà avoir développé une certaine forme de résistance à certains coronavirus, mais cela peut tout aussi bien signifier que l’on va réagir de manière excessive quand quelque chose de nouveau se présente ». Comme on le sait, de nombreuses personnes meurent non pas à cause du virus, mais à cause d’une réaction excessive de leur système immunitaire contre le virus.