Manaus, épicentre du Covid: l’immunité collective en question

Une partie de l’Etat de l’Amazonas (Brésil), dont la capitale Manaus, sont aux prises depuis des semaines avec le Covid. Une deuxième vague virulente, dont un nouveau variant pourrait être à l’origine, ébranle les certitudes des adeptes de l’immunité collective.

Depuis un mois, la ville de Manaus, capitale de l’Etat brésilien de l’Amazonas, est en proie à une flambée des cas de covid, avec plus de 200 hospitalisations par jour. C’est plus qu’au printemps, lors de la première vague, qui avait déjà fortement touché le Brésil.

Système de santé submergé

Les demandes d’hospitalisation ont explosé et les hôpitaux ont rapidement été débordés et confrontés à une pénurie dramatique d’oxygène qui a entraîné la mort d’une centaine de malades et à l’asphyxie de plusieurs patients.

Le docteur Ruy Abrahim, qui coordonne les services d’urgence de Manaus, s’est dit impressionné par la dégradation rapide de l’état de santé des malades. Nombre d’entre eux se sont vite retrouvés dans un état critique et un nombre croissant sont morts chez eux avant même l’arrivée des secours. De même, les cas graves se sont multipliés dans toutes les tranches d’âge. « Il y a des moments où le médecin doit choisir » le patient qu’il assistera, « c’est une situation très difficile ».

« Les patients arrivent avec une saturation en oxygène critique, à des niveaux qui ne sont quasiment plus compatibles avec la survie », ajoute un infirmier qui ne souhaite pas donner son nom.

Immunité en question

La situation y est dramatique. Pourtant, l’immunité collective dans la région semblait avoir été atteinte suite à la première vague. Que s’est-il passé ? Des chercheurs ont notamment analysé la situation à Manaus dans la revue The Lancet. En automne dernier, une étude publiée dans la revue Science auprès d’un millier de personnes indiquait effectivement que 76% d’entre eux avaient été contaminés par le Covid. Depuis le début de la pandémie, on suggère que le seuil de 70% permet une immunité collective. En théorie, si cette immunité est atteinte, le virus ne circule plus puisqu’il entre davantage en contact avec des personnes qui n’y réagissent plus.

Si le chiffre de 76% de personnes touchées lors de la première vague a été détecté sur un échantillon, il ne représente peut-être pas l’immunité de l’ensemble de la population. Mais même si 50% de la ville avait été infectée, ce qui semble quasi certain, il ne devrait pas y avoir autant de nouveaux cas. Comment l’expliquer ? Plusieurs pistes sont envisagées, dont deux principales : la chute des anticorps après quelques mois, et la circulation d’un variant plus fort.

Selon les scientifiques, le variant brésilien, aussi appelé amazonien, a des mutations similaires au sud-africain. Il contourne l’immunité acquise par les personnes qui ont déjà eu le covid l’an dernier, les anticorps développés après cette première infection sont donc dix fois moins puissants contre le variant. Mais pour l’instant, on en sait encore trop peu sur ce variant.

La dominance d’un variant

Pour l’épidémiologiste Julio Croda, la réinfection en masse à Manaus, après celle de l’an dernier, pourrait effectivement être liée au nouveau variant. « Cette mutation pourrait expliquer la hausse des transmissions, cela nous préoccupe beaucoup », dit-il à l’AFP. Mais Croda insiste sur les incertitudes concernant la durée de l’immunité après une contamination et la réaction des anticorps face à un variant du coronavirus. Le variant de Manaus peut tout à fait se retrouver ailleurs au Brésil et « s’il est réellement plus contagieux, nous allons voir une hausse des cas et des morts », avertit l’épidémiologiste.

Ce variant, détecté sur des voyageurs infectés par le coronavirus arrivés au Japon en provenance d’Amazonie, est dominant à Manaus. « En décembre, on le trouvait dans 51% des échantillons séquencés » provenant de patients du coronavirus, et entre le début et le « 13 janvier, c’était 91% », selon Felipe Naveca, qui étudie les mutations du virus dans l’Etat. « De plus, il essaime dans l’intérieur de l’Etat » d’Amazonas, dont Manaus est la capitale. « Nous l’avons trouvé dans 11 des 13 villes que nous avons étudiées. »

« Nous savons que quelque chose de très grave et différent s’est produit dans la transmission entre novembre et décembre », explique à l’AFP l’épidémiologiste Jesem Orellana, de la fondation Fiocruz-Amazonía. Mais on ne peut pas en tirer de conclusion hâtives sur un variant plus contagieux, met-il en garde. Et « ce n’est pas nécessairement un variant plus mortel ». Selon lui, Manaus a seulement découvert l’existence de ce variant parce que le Japon a appelé. « Cela signifie que soit nous ne faisons pas le suivi, soit nous le faisons très mal. »

Le monde prend ses précautions

Le monde s’inquiète, car tous les indices indiquent déjà que ce variant est plus contagieux, car il présente des mutations qui ont été liées à la plus grande transmission du virus observée dans les variants du Royaume-Uni et d’Afrique du sud. Les craintes du variant brésilien, déjà détecté ce mois-ci, outre au Japon, en Allemagne et dans le Minnesota, ont motivé l’interdiction ou la forte restriction de vols en provenance du Brésil de divers pays (Etats-Unis, Grande-Bretagne, Italie, Pérou, Portugal, Espagne…).

Felipe Naveca évoque aussi d’autres variants brésiliens. Le P1 est « un des 18 variants du coronavirus qui ont circulé dans l’Etat d’Amazonas depuis le début de la pandémie » il y a 10 mois. Les données actuelles « ne permettent pas de dire si ce variant est plus meurtrier », même si les autorités ne rejettent pas l’idée que sa propagation rapide à Manaus y a joué un rôle dans la dramatique augmentation des morts du covid-19.